云南宗教治理与民族团结进步智库是云南省首批高校新型智库建设项目，旨在从资政出发，充分发挥大理大学学科特色与研究优势，整合校内外宗教学、民族学、社会学、历史学研究的队伍和资源，对外立足于一流智库建设，为云南宗教治理与民族团结进步贡献思想和智慧，成为国家的思想库和智囊团；对内立足于学科的交叉与整合、研究团队的建设与发展，以云南需求推动学科整合，以学科整合贡献云南发展，提升大理大学在云南建设与进步中的地位与影响；完成“理论建设、决策咨询、学科发展、人才培养、服务地方”五位一体的建设任务。
发展目标：
1、建成支撑国家和区域发展的新型智库。紧紧围绕云南宗教治理与民族团结进步的新要求，围绕党和政府关注的重大现实问题，出思想、谋战略、提对策，建设具有中国特色、云南风格的高校新型智库，使之成为国家和区域发展决策的建言者、社会舆论和民意的引导者，成为在国内外有一定影响的重要思想库和创新源。
2、建成高水平国际化学术交流与合作平台。通过多形式、多层次、多维度的国际交流与合作，打造中外智库联合研究的高端平台，推动交流互鉴，扩大国际学术话语权和影响力，全面提升我省高等教育的国际化水平。
3、建立健全支撑党委政府决策的咨政平台和决策咨询制度。以组织管理创新为抓手，完善成果传播推广机制，着力构建成果的生产、发布和应用转化机制，加大成果报送力度，使之成为党委政府决策部门可信任、可依赖的咨政服务平台。
4、建成高端应用型人才集聚的高地。立足高校特点，以学者为核心，建立以服务国家和区域发展为导向、以实质贡献为标准的评价和激励机制，激发优秀人才参与决策咨询的能力和活力，加强青年学术后备力量建设，实现高水平应用型人才的有效集聚，打造云南高校一流人才集聚的高地。