就地保护是生物多样性保护的最有效措施，自然保护区是生物多样性保护就地保护的主要形式，也是滇西北最主要的保护地类型。云南省已在滇西北地区建立了包括4个国家级自然保护区在内的27个不同级别自然保护区，总面积9988平方公里，占全省自然保护区总面积的34.6%，占滇西北国土面积的12.5%。除自然保护区外，还建立了其他多种形式的保护地类型，例如，建有9个风景名胜区，包括国家级4个、省级5个，总面积11104平方公里，约占全省风景名胜区总面积的56.7%，占滇西北国土总面积的13.9%；1个世界地质公园，3个国家地质公园，总面积2519平方公里，占全省国家地质公园总面积的78.8%，占滇西北国土总面积的3.2%；建有4个森林公园，包括国家级3个、省级1个，总面积78平方公里；1个国家公园；此外，还拥有“三江并流”世界自然遗产地；有3处国际重要湿地。各类就地保护地总面积约占滇西北总面积的26%，现已初步形成了以自然保护区为主，自然遗产地、风景名胜区、森林公园和国家公园等其它保护地为辅的生物多样性保护网络；同时，还有许多神山、神湖、圣林等自然圣境作为保护地系统的重要补充。
1、苍山洱海国家级自然保护区以保护古冰川遗迹、高山垂直带生态系统——苍山和高原湖泊生态系统——洱海、大理石矿、水资源、名胜古迹、苍山冷杉和多种杜鹃等珍稀野生动植物为目的。
2、云龙天池国家级自然保护区以保护云南松种质资源、滇金丝猴等珍稀濒危动物资源及其生存环境，天池湿地生态系统为目的。
3、高黎贡山国家级自然保护区是云南省面积最大的自然保护区，以保护山地植被垂直带自然景观和羚牛、东白眉长臂猿等多种珍稀濒危动植物种类为目的。
4、白马雪山国家级自然保护区是中国面积最大的以保护滇金丝猴及其栖息的云冷杉林环境为主要保护对象的国家级的野生生物类别、野生动物类型的自然保护区，有“寒温带高山动植物王国”之称。
